马斯特里赫特大学院系设置学校下设7个大的学院，分别是：科学与工程学院（FSE，Faculty of Sciences and Engineering）医学院（FHML，Faculty of Health, Medicine and Life Sciences）法学院（FdR，Faculty of Law）艺术与社科学院（FASoS，Faculty of Arts and Social Sciences）心理学院（FPN，Faculty of Psychology and Neuroscience）经济与工商管理学院（SBE，School of Business and Economics）
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