查理大学院系设置查理大学现设17个学院(Faculty)：3个神学院（天主教神学院、新教神学院、胡斯神学院）6个医学院及药学院（第一医学院、第二医学院、第三医学院、皮尔森医学院、赫拉德茨-克拉洛韦医学院、赫拉德茨-克拉洛韦药学院）4个文科学院（法学院、文学院、人文学院、社会科学学院）2个理科学院（理学院、数学及物理学院）2个教育学院（体育学院、教育学院）
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