北陆先端科学技术大学院大学与中国大陆的主要合作机构和学校包括：中国科学院数学与系统科学研究院、中国科学院计算技术研究所、中国科学院化学研究所、中国科学院声学研究所、北京大学、清华大学、天津大学、上海交通大学、哈尔滨工业大学、浙江大学、南京大学、西安电子科技大学、北京工业大学、武汉理工大学、大连理工大学、大连海事大学、大连大学、大连民族大学、河北大学、河北工程大学、中国石油大学（华东）、常州大学、昆明理工大学值得注意的是，JAIST与天津大学设有双项学位项目，通过该项目，双方学生可以互换交流学生（有奖学金支持），并在双方学校同时得到认可的学位
该项目每年名额为硕士研究生10人，博士研究生5人
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