维尔纽斯卡普苏斯大学16世纪远在1568年，立陶宛贵族议会就通过决议，要创办立陶宛高等专科学校
立陶宛大公批准了这一决议
他委派主教徒和耶稣教徒在1570年开办了立陶宛高等学校
但上述教徒并不满足于这一首创活动
当时还有一所柯尼斯堡大学，与立陶宛毗邻
为了和它展开竞争，教徒们决定把立陶宛高等学校升格为大学
就这样，在1579年按照立陶宛大公的旨意成立了维尔纽斯大学，它是当时东欧地区的最高学府，享有盛誉
起初，这所大学设两个系：哲学系和神学系
按照校规，哲学系毕业并信仰天主教的学生才能转入神学系学习
当时学校所开设的古典语文很受欢迎，因为通过这门课程学习可以掌握拉丁语，借助这门语言可以通修其他各门课程
在初始阶段，学校的发展比较平稳
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