喀土穆大学机构设置大学设有21个学院、11个研究院、6个研究中心、1所研究生院、3所教学研一体的医院、2个医护中心、1所小学以及1所中学
学院：文学院、经济与社会研究学院、法学院、管理学院、工学院、建筑学院、数学学院、理学院、牙医学院、医学院、医疗实验室科学学院、护理科学学院、药学院、公共健康与环境卫生学院、农学院、动物学院、林学院、兽医学院、教育学院
研究院和中心：非洲与亚洲研究院、发展问题研究院、公共管理与政权研究院、阿拉伯语研究院、和平问题研究院、建设与道路问题研究院、环境问题研究院、城市问题研究院、传染病研究院、促进家畜出口研究院、沙漠化与沙漠耕作研究院、外交问题中心、保健经经济学中心、医务人员教育发展中心、骆驼研究中心、教研人员技能发展中心
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