山梨大学科研机构截至2015年5月，山梨大学有3个研究部门，6个研究中心
研究部门：发酵微生物工学研究部门、功能成分学研究部门、果实基因工程研究部门研究中心：地域共同研发中心、燃料电池纳米材料研究中心（燃料电池研究为主）、水晶科学研究中心、葡萄酒科学研发中心（葡萄酒酿造以及葡萄的栽培等研究）、制造教育实践中心（工学部实验机器制造）、科学过程研究中心
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