圣托马斯大学办学历史学校最早是由欧洲的奥古斯丁教会在古巴的哈瓦那建立，当卡斯特罗政府1961年驱逐奥古斯丁教会，美国的奥古斯丁教会在迈阿密重新建立这个学校，改名为贝斯堪学院（Biscayne College）
美国南部教育委员会于1968年承认这个学院
经过许多年的发展和壮大，在1984年学院升级为大学，同时更名为现在的名字，圣托马斯大学
1988年被划为罗马天主教教廷迈阿密教区的支持学校
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