东京农工大学大学机构校区府中校区 （东京都府中市, 本部・农学部）小金井校区（东京都小金井市, 工学部）学部农学部所设学科：生物生产学科，应用生物科学科，环境资源科学科，地域生态系统学科，兽医学科工学部（2019年改组）所设学科：生命工学科，生体医用系统工学科，应用分子化学科，化学物理学科，机械系统工学科，智能情报系统工学科

大学院农学府（2019年改组）生物生产科学专攻，应用生命化学专攻，自然环境资源专攻，食农情报工学专攻，地球社会学专攻，国际创新农学专攻

工学府生命工学专攻，应用化学专攻，机械系统工学专攻，物理系统工学专攻，电器电子工学专攻，信息工学专攻，电子信息工学专攻，产业技术专攻

农学研究科生物系统应用科学研究科 （简称BASE）联合农学研究科 （茨城大学、宇都宫大学、东京农工大学组成的联合大学院）大学院专业设置研究科专业设置工学府生命工学（生体机能工学、应用生物工学）、应用化学（物质应用化学、有机材料化学、系统化学工学）、机械系统工学（系统基础解析、设计生产系统）、物理系统工学（量子系工学、复杂系工学）、电气电子工学（电气电子系统工学、电子媒体工学）、情报工学农学府生物生产科学（生产环境科学、植物生产科学、动物生产科学）、共生持续社会学（共生人类学、环境社会关系学、食量环境经济学）、应用生命化学（生体分子化学、生理生化学、分子生物学、环境老年学）、生物制御科学（生物机能制御学、生物适应制御学）、环境资源物质科学（环境资源材料学、资源机能制御学）、自然环境保全学（生态系保全学、森林环境保全学）、物质循环环境科学（环境生物学、环境化学）、农业环境工学（地域环境工学、生物生产工学）、国际环境农学（国际环境修复保全学、国际生物生产资源学、国际地域开发学）生物系统应用科学府生物系统应用科学（物质机能系统学、生体机构情报系统学、循环生产系统学）研究科共生科学技术研究院农学府工学府生物体系应用科学府连合农学研究科技术经营研究科联合兽医学研究科附属设施东京农工大学科学博物馆

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