黑龙江工程学院以社会需求为导向，主动适应国家和地方经济发展方式转变、经济结构调整以及产业结构优化升级需要，着力优化学科专业结构，加强学科专业内涵建设，集中力量建设一批直接为地方和行业服务的、具有应用型特色和优势的学科专业，加大力度扶持一批人才需求量大、有发展潜力的学科专业，构建了主干的工科、适当的理科和管理学科，必要的文科的学科格局，形成了优势突出、特色鲜明、结构合理、协调发展的学科专业体系。

黑龙江工程学院拥有53个本科专业，涵盖了工、管、文、理、法、经、艺等学科门类。建设了测绘工程1个国家级特色专业；土木工程、测绘工程、车辆工程、交通运输、工程管理、会计学、机械设计制造及其自动化等7个省级重点专业；土木工程、测绘工程、车辆工程和机械设计制造及其自动化、计算机科学与技术、电气工程及其自动化、材料科学与工程等7个教育部“卓越工程师教育培养计划”试点专业。

黑龙江工程学院强化校企合作，产学研结合，构建了功能完善、管理先进的学科专业平台。学校重点建设1个国家级实验教学示范中心——测量学实验教学中心，汽车工程基础实验中心、道路桥梁实验教学中心等2个省级实验教学示范中心；土木与建筑工程学院与龙建路桥股份有限公司、机电工程学院与郑州宇通重工有限公司、电气与信息工程学院与阿城继电器股份有限公司、材料与化学工程学院与江苏熔盛重工有限公司联合申报的四个工程实践教育中心等4个国家级工程实践教育中心；1个国家级大学生校外实践教育基地——黑龙江工程学院-黑龙江省测绘地理信息局工程实践教育基地。建设校内外实习基地180余个，与10余家世界500强公司共建了多个特色实验室和培训中心，建成了全国首个高校工程文化博物馆和4个工程文化教育基地和1个人文素质教育基地。

黑龙江工程学院与长安大学、哈尔滨理工大学、电子科技大学等高校在交通运输工程、测绘工程、软件工程等领域联合培养专业学位硕士研究生百余人，为国家、区域、行业输送了高层次应用型专门人才。

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