重庆工商大学科研机构据2021年5月学校官网显示，学校有国家国际科技合作基地1个、教育部人文社会科学重点研究基地1个、教育部工程研究中心1个、市级人文社会科学重点研究基地4个、市级人文社会科学重点研究基地（共建）1个、市高校咨政平台1个、市级重点实验室4个、市级工程实验室1个、市级工程技术研究中心2个、市级国际科技合作基地1个、市级2011协同创新中心2个、重庆高校市级重点实验室3个、重庆高校工程技术研究中心1个、市商委重点实验室1个、市经济和信息化委员会技术应用中心1个、市级人文社会科学普及基地1个、市文化委员会研究中心1个、市级众创空间6个、市级高校众创空间2个

此外，学校还有联合共建科研机构6个

 国家国际科技合作基地（1个）：智能制造服务国际科技合作基地 教育部人文社会科学重点研究基地（1个）：长江上游经济研究中心 教育部工程研究中心（1个）：废油资源化技术与装备工程研究中心 市级人文社会科学重点研究基地（4个）：区域经济研究院、产业经济研究院、企业管理研究中心、重庆廉政研究中心 市级人文社会科学重点研究基地（共建）（1个）：重庆中国特色社会主义理论研究中心 市高校咨政平台（1个）：重庆市高校网络舆情与思想动态研究咨政中心 市级重点实验室（4个）：电子商务及供应链系统重庆市重点实验室、催化与环境新材料重庆市重点实验室、制造装备机构设计与控制重点实验室、经济社会应用统计重庆市重点实验室 市级工程实验室（1个）：检测控制集成系统重庆市工程实验室 市级工程技术研究中心（2个）：重庆市发展信息管理工程技术研究中心、特色农产品加工储运重庆市工程技术研究中心 市级国际科技合作基地（1个）：中-加装备系统服役健康保障国际联合研究中心 市级2011协同创新中心（2个）：成渝经济区城市群产业发展协同创新中心、重庆现代商贸物流与供应链协同创新中心 重庆高校市级重点实验室（3个）：天然药物研究重庆高校市级重点实验室、催化理论与应用技术重庆高校市级重点实验室、微纳系统技术及智能传感重点实验室 重庆高校工程技术研究中心（1个）：重庆高校油处理装备与绿色化工技术工程研究中心 市商委重点实验室（1个）：商贸物流与电子商务重庆市商委重点实验室 市经济和信息化委员会技术应用中心（1个）：重庆市两化融合物流信息化技术应用中心 市级人文社会科学普及基地（1个）：重庆工商大学传媒发展中心 市文化委员会研究中心（1个）：重庆传媒与文化发展研究中心 市级众创空间（6个）：工商云+同创空间、重庆海基众智商务大数据众创空间、工商之星微电商创业训练营、香樟林健康食尚谷、自由度众创空间、重庆工商数网众创空间 市级高校众创空间（2个）：“一路行”学创营、可视化大数据众创空间 联合共建科研机构（6个）：重庆干部教育研究中心（与重庆市委组织部共建）、长江上游国情调研中心（与中国社会科学院马克思主义研究院共建）、中国社会科学院中国经济分析与预测调研基地（与中国社会科学院数量经济与技术经济研究所、中国社会科学院中国经济分析与预测中心共建）、重庆市社会科学大数据中心（与重庆市社科联共建）、社会学西部研究基地（与中国社会科学院社会学研究所共建）、重庆市人口理论研究与培训中心（与重庆市人口和计划生育委员会共建） 

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