中国农业科学院研究生院开拓发展1991年12月，总务处合并到办公室

同时成立党办人事处，学生工作归党办人事处管理

教务处职能增加了博士后流动站管理

1993年4月，成立研究生管理处，党办人事处与办公室合署办公，对外统称办公室

 1994年12月31日，中央机构编制委员会办公室文件《关于中国农业科学院院部及下属单位的机构编制的批复》（中编办265号）核准：中国农业科学院研究生院事业编制55人

1996年3月，经农科（人干）字第40号文批准，研究生管理处更名为“研究生工作处”，教务处更名为“研究生培养处”，党办人事处与办公室分开设置

 2003年上半年，根据中国农业科学院关于深化人事制度改革的相关要求，研究生院实行了全员竞聘上岗人事制度改革，中国农业科学院人事局农科人干35号《关于同意研究生院内设机构设置的批复》，同意研究生院成立4个处室，核定处级干部职数为8个

2005年2月，中国农业科学院人事局批复（农科人干2号），同意增设学位办公室为研究生院正处级机构，并增加1名处级干部职数

2月，研究生院将培养处学位与学科建设的职能调整到学位办公室

 2006年10月，经中国农业科学院人事局农科人干函82号文批准，研究生院增设招生就业处，增加处级干部职数2个

2008年，研究生院招收第一批外国留学生；同年获“北京市学位与研究生教育管理先进集体”

2009年7月，经中国农业科学院人事局农科人干函72号文批复，同意研究生院成立专业学位教育处，处级干部职数由11名增加到13名

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