南京理工大学研究生院学科设置学校建有研究生院、教育实验学院、国际教育学院、继续教育学院，并与合作方联合创办了南京理工大学紫金学院和南京理工大学泰州科技学院两个独立学院
现有 9 个国家重点学科，6个江苏省优势学科，7 个江苏省一级学科重点学科，7个工信部重点学科；16 个一级学科博士后流动站；15 个一级学科博士学位点，49 个博士学位点分布于法学、理学、工学和管理学等 4 个学科门类的 18 个一级学科，116 个硕士学位点分布于哲学、法学、文学、经济学、教育学、理学、工学、艺术学和管理学等 9 个学科门类；具有金融硕士、国际商务硕士、法律硕士、社会工作硕士、体育硕士、翻译硕士、工程硕士、工商管理硕士、公共管理硕士、会计硕士、图书情报硕士、艺术硕士等 12 个专业学位授予点，其中工程硕士具有 27 个工程领域，工商管理硕士具有高级管理人员工商管理硕士授予权；此外还具有在职人员以同等学力申请博士、硕士学位的授予权，具有外国留学生和港澳台学生的招生权
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