南京理工大学研究生院办学条件为实施国家创新驱动战略，落实“高等学校创新能力提升计划”（“2011”计划），学校大力开展协同创新，建立了“先进发射”、“先进微纳米材料及装备”、“社会公共安全科技”、“先进民用爆炸材料与安全技术”、“轨道交通电气自动化与系统安全技术”、“高端装备与先进制造”等 6 个协同创新中心
其中，“先进发射”协同创新中心获批“工业和信息化部协同创新中心”，“先进微纳米材料及装备”和“社会公共安全科技”两个协同创新中心获批“江苏高校协同创新中心”
为推进教育国际化进程，学校与美国卡内基梅隆大学、俄罗斯鲍曼国立技术大学、德国慕尼黑工业大学等 100 多所海外知名高校建立了密切的合作关系，开展各类人才培养和学术交流合作工作
2012 年，学校与德国卡尔斯鲁厄理工学院合作建立了格莱特纳米科技研究所
该研究所采用国际学术机构运行模式，汇聚了以赫伯特·格莱特院士、卢柯院士等为代表的一批世界知名纳米材料专家，致力于建设世界顶级的纳米材料与技术研究基地
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