南京农业大学研究生院科研机构有13个国家重点学科，23个省（部）级重点学科

建有“作物遗传与种质创新”国家重点实验室和国家大豆改良中心，34个省级所（中心、实验室），以及百余个校级研究所、研究室和工程技术研究中心

“十五”以来，国家自然科学基金、科技部、教育部、农业部等各级、各类项目立项1581项，获立项经费5.28亿元，纵向到位科研经费以每年20%的速度递增，年获国家自然科学基金项目经费超过1500万元，在全国高校中位居前列

获国家、部省级科技成果奖64项，其中国家级奖5项

李显春博士的一篇论文2002年10月在《Nature》上发表，是我国农业高校在《Nature》上发表的第二篇论文

我校有6篇博士学位论文被评为全国百篇优秀博士论文

《南京农业大学学报》2005年度影响因子上升至0.596，2005年、2006年连续获得第四、第五届“百种中国杰出学术期刊奖”，2006年度获“首届中国高校精品科技期刊奖”，2004年度获全国高校优秀期刊评比一等奖、第二届江苏期刊方阵“双十佳”期刊奖；2003年度获“第二届国家期刊奖重点期刊奖”、“百种中国杰出学术期刊”

学校充分发挥自身学科及人才优势，主动为社会发展服务、为“三农”服务，创造了巨大的经济效益和社会效益，多次被评为国家和江苏省科教兴农、科技扶贫工作先进单位

此外，还设有11个博士后科研流动站；9个特聘教授岗位（植物遗传育种学、作物栽培与耕作学、植物病理学、农作物病虫监测与治理、园艺科学与应用、动物生产与畜产品加工、动物健康与卫生、农业经济与管理、农业资源利用与环境保护）

国家级研究机构作物遗传与种质创新国家重点实验室国家肉品质量安全控制工程技术研究中心国家大豆改良中心部级重点实验室、研究中心教育部肉品加工与质量控制重点实验室农业部南方作物生理生态重点开放实验室农业部病虫监测与治理重点开放实验室农业部动物疫病诊断与免疫重点开放实验室农业部动物生理生化重点开放实验室农业部农畜产品加工与质量控制重点开放实验室农业部农业环境微生物工程重点开放实验室农业部南方蔬菜遗传改良重点开放实验室教育部资源节约型肥料工程研究中心教育部杂交棉创制工程研究中心教育部农作物特种遗传资源标准化整理、整合及共享平台农业部小麦区域技术创新中心农业部转基因大豆检测与监测中心（南方）农业部动物疫病防治技术创新中心农业部牛冷冻精液质量检测中心（南方）农业部农药残留微生物降解研发基地省级重点实验室、研究中心江苏省信息农业高技术研究重点实验室江苏省固体有机废弃物资源化高技术研究重点实验室江苏省海洋生物学重点实验室江苏省植物基因工程技术研究中心江苏省肉品工程技术研究中心江苏省新型兽药与饲料添加剂工程技术研究中心江苏生物源农药工程中心江苏省生态营养水产饲料工程研究中心东部资源环境与持续发展研究中心江苏省循环经济工程中心江苏省有机肥料工程中心江苏省农村发展与土地政策研究基地

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