上海海洋大学研究生院合作交流学校与美国、日本、俄罗斯、澳大利亚等国家的大学以及多个国际组织有着密切的交流与合作，并与国外多所大学互派留学生，长期参与中美海洋生物资源合作计划，与联合国粮农组织、教科文组织、渔业信息中心、亚洲水产学会，国际水生生物资源管理中心等国际组织建立了长期友好合作关系
为适应我国高等教育大众化的趋势，促进水产、海洋科技及高等教育事业的发展，培养适合社会需求和地方经济社会发展急需专业人才，学校提出了新时期的办学目标：争取到2012年，建校一百周年时，把学校建设成为水产、海洋、食品等学科优势明显，农、理、工、经、文、管等多学科协调发展，科研教学并重，在国际上有重要影响的高水平特色大学，成为高级专业技术人才和高素质应用型人才培养的摇篮以及我国水产、海洋、食品等方面科技创新的重要基地
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