第二军医大学研究生院学科设置学校设有基础医学、临床医学、军事医学、药学、军事体育和政治理论等近147个教研室；抗疟药、放射医学2个研究室；全军肝胆外科、中西药、心胸外科、骨科等4个研究所和血液病、临床营养、临床免疫、烧伤、泌尿外科、生殖医学、计划生育和优生优育技术、急救医学9个全军研究中心
还设有神经生理、分子毒理学、免疫与基因治疗、心脏外科、肝胆肿瘤、生物信号传导6个全军重点实验室和国家卫生部真菌保藏中心，全军重点建设学科航海医学
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