南京农业大学工学院院系专业截至2019年9月学院官网显示，学院设有4个系，有12个本科专业
系：农业机械化系、机械工程系、电气工程系、管理工程系本科专业：农业机械化及其自动化、交通运输、车辆工程、机械设计制造及其自动化、材料成型及控制工程、工业设计、农业电气化、电子信息科学与技术、自动化、工业工程、工程管理、物流工程
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