上海健康医学院院系专业据2021年2月学校官网显示，学校设有9个学院、4个教学部，开设16个本科专业和13个专科专业

 2022年2月，学校新增药物分析专业、助产学专业、预防医学专业

 专业设置院系名称专业名称类别学制临床医学院临床医学本科五年临床医学（含乡村医生、院前急救）专科三年护理学院护理学本科四年护理专科三年助产专科三年医疗器械学院医疗产品管理本科四年生物医学工程本科四年临床工程技术本科四年精密医疗器械技术专科三年医疗器械维护管理（临床工程技术、中日合作）专科三年医疗应用技术专科三年康复学院康复治疗学本科四年康复物理治疗本科四年康复治疗技术专科三年康复治疗工程技术专科三年医学影像学院医学影像技术本科四年医疗设备专科三年放射影像技术专科三年医学影像技术专科三年医学技术学院医学检验技术本科四年卫生检验与检疫本科四年口腔医学技术本科四年食品卫生与营养学本科四年眼视光技术专科三年医学检验技术专科三年医学生物技术专科三年医学营养专科三年口腔医学技术专科三年药学院药学本科四年药学专科三年中药学专科三年药品生物技术（生物制药技术）专科三年药品质量与安全（药品监管）专科三年健康与公共卫生学院健康服务与管理本科四年公共事业管理（应急管理）本科四年大数据科学与大数据技术本科四年卫生信息管理专科三年计算机网络技术专科三年医疗器械制造与维修专科三年市场销售专科三年国际教育学院护理（中美合作）专科三年 附属医院上海健康医学院附属第六人民医院东院、上海健康医学院附属周浦医院、上海健康医学院附属嘉定区中心医院、上海健康医学院附属奉贤区中心医院、上海健康医学院附属浦东新区人民医院、上海健康医学院附属崇明区中心医院（筹）、上海健康医学院附属第六人民医院金山分院（筹）、上海健康医学院附属第一康复医院（筹）、上海健康医学院附属上海禾新医院（筹）、上海健康医学院附属精神卫生中心（筹）、上海健康医学院附属喀什地区第二人民医院 、上海健康医学院附属上海赫尔森康复医院（筹） 

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