中国科学院数学与系统科学研究院科研成果据2020年6月研究院官网显示，研究院历年来获得科技重要奖励500余项，包括首届国家最高科学技术奖，5项国家自然科学奖一等奖，1项国家科技进步特等奖，1项邵逸夫数学奖，29项国家自然科学奖二等奖，以及50余项国际学术奖励和荣誉
国家自然科学奖一等奖：华罗庚“典型域上的多元复变数函数论”、吴文俊“示性类与示嵌类的研究”、陈景润和王元等“哥德巴赫猜想研究”、冯康“哈密尔顿系统的辛几何算法” 注：名单不全
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