中国科学院微生物研究所所徽该标识结构严谨、稳重大气
体现微生物所探索永无止境，不断发展超越的精神
标识整体以方圆结构为造型，外圆与中国科学院院徽外形相同，突出微生物所隶属于中国科学院，六边形代表该所属于中科院六个学部之一的生物学部
以DNA双螺旋加底座，巧妙构成显微镜的图案，体现该所的基本学科特点，强调微生物研究已进入分子水平
“1958”示意该所的成立时间，“C·A·S”为中国科学院的英文缩写
深蓝色代表高科技，也象征该所在生物科技领域勇于攀登、开拓前进的完整理念
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