中国科学院微生物研究所人员编制据2016年4月研究所官网显示，中国科学院微生物研究所正式职工514人（含项目聘用），其中正高级专业技术职务79人，副高级专业技术职务105人，中级专业技术职务221人，初级专业技术职务62人，平均年龄39.1岁

共有研究组72个，其中青年研究组9个；研究组长中，近三分之二具有海外留学经历

 在职职工中，科研人员为331人，其中68%具有博士学位；技术支撑人员119人，其中29%具有博士学位，管理人员43人，其中47%具有研究生学历

微生物所另有派遣人员60人，劳务用工人员199人

 院士（11位，包括已故4位）戴芳澜（已故） 中科院院士（1955年）邓叔群（已故）中科院院士（1955年）方心芳（已故） 中科院院士（1980年）阎逊初（已故）中科院院士（1980年）张树政 中科院院士（1991年）田波中科院院士（1991年）魏江春 中科院院士（1997年）郑儒永中科院院士（1999年）方荣祥 中科院院士（2003年）庄文颖 中科院院士（2009年）高福中科院院士（2013年）国家杰出青年基金获得者（14位）谭华荣（1999年） 黄 力（1999年） 东秀珠（2000年） 唐 宏（2000年）姚一建（2000年） 高光侠（2002年） 高 福（2005年） 郭惠珊（2005年）刘杏忠（2006年） 刘双江（2007年） 白逢彦（2008年） 向 华（2009年）车永胜（2009年） 张立新（2011年） 丁守伟（1999年）B类 王国梁（2000年）B类张炼辉（2001年）B类 唐晓艳（2002年）B类 佘群新（2003年）B类 施文元（2004年）B类中国科学院“百人计划”入选者（32人）谭华荣（1994年） 何朝族（1998年） 姚一建（1999年） 唐　宏（1999年）刘双江（2000年） 高光侠（2000年） 刘杏忠（2000年） 高 福（2004年）郭惠珊（2004年） 刘文军（2004年） 车永胜（2005年） 叶 昕（2005年）高 斌（2005年） 朱宝利（2005年） 李 寅（2005年） 张立新（2006年）孟颂东（2006年） 李学兵（2008年） 陈吉龙（2008年） 李少杰（2009年）邱金龙（2009年） 周旭宇（2010年） 蔡 磊（2010年） 马旅雁（2010年）张福萍（2011年） 黄广华（2012年） 陈义华（2012年） 孔照胜（2012年）唐双焱（2012年） 刘 俊（2012年） 尹文兵（2015年） 吴 边（2015年） 

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