中国科学院遗传与发育生物学研究所科研部门据2015年10月研究所官网显示，遗传生育所拥有3个国家重点实验室、2个院省级重点实验室、1个所级重点实验室、河北栾城农田生态系统国家野外观测试验站，是国家植物基因研究中心（北京）的依托单位，设有栾城农业生态系统试验站、南皮生态农业试验站、太行山山地生态试验站、海南陵水南繁育种基地
另外，遗传发育所分别在江苏扬州、浙江嘉兴、新疆石河子、天津、青岛等地建立了8个以水稻、小麦、棉花、蔬菜等为重点研发对象的分子育种联合中心；在黑龙江哈尔滨建立了中科院北方粳稻分子育种联合研究中心；在天津和呼和浩特建立了大动物（奶牛）育种基地；在海南陵水、河北赵县建立了作物繁育基地；与沈阳军区合作建设新民、老莱、盘锦育种基地
国家重点实验室：植物基因组学国家重点实验室、植物细胞与染色体工程国家重点实验室、分子发育生物学国家重点实验室中国科学院重点实验室：中国科学院农业水资源重点实验室省级重点实验室：河北省节水农业省级重点实验室所级重点实验室：遗传网络生物学重点实验室
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