中国科学院武汉病毒研究所科研部门据2016年12月研究所官网显示，研究所设有5个研究中心；与武汉大学共建有1个国家重点实验室，拥有1个联合开放实验室，设有HIV初筛实验室等研究技术平台
同时，武汉病毒研究所还是湖北省暨武汉微生物学会和中国免疫学会青年工作委员会的挂靠单位
研究所研究中心：分子病毒学研究中心、分析微生物学与纳米生物学研究中心、微生物菌毒种资源与应用中心、病毒病理研究中心、新发传染病研究中心 国家重点实验室：病毒学国家重点实验室（武汉大学、中国科学院武汉病毒研究所） 联合开放实验室：中-荷-法无脊椎动物病毒学联合开放实验室 中国科学院重点实验室：中国科学院农业环境微生物学重点实验室 湖北省工程技术研究中心：湖北省病毒疾病工程技术研究中心
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