中国科学院寒区旱区环境与工程研究所科研部门2014年3月，中国科学院寒区旱区环境与工程研究所已形成七大研究室、三大研究系统的庞大科研及支撑体系，突出了冰川、沙漠、高寒区资源生态环境与可持续发展研究特色

七大研究室分别是：冰冻圈与全球变化研究室，沙漠与沙漠化研究室，高原大气物理研究室，冻土与寒区工程研究室，寒旱区水土资源研究室，生态与农业研究室，遥感与地理信息研究室

 三大研究系统分别是以实验分析研究为主的实验分析系统，以野外观测试验研究为主的试验观测系统，以信息共享和网络应用、图书服务为主的信息平台系统

为使科研与支撑体系融合成为有机整体，实验室和野外台站均归入到相应研究室

 国家重点实验室：冻土工程国家重点实验室、冰冻圈科学国家重点实验室 中国科学院重点实验室：寒旱区陆面过程与气候变化重点实验室、内陆河流域生态水文实验室、沙漠与沙漠化重点实验室、中科院寒旱所遥感与地理信息科学研究室、内陆河流域生态水文实验室 甘肃省省级重点实验室：甘肃省极端环境微生物资源与工程重点实验室、内陆河流域生态水文实验室、寒旱所遥感与地理信息科学研究室、甘肃省黑河生态水文与流域科学重点实验室 

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