中国科学院西北高原生物研究所科研部门截至2014年10月，中国科学院西北高原生物研究所有研究中心3个，野外台站4个，科研中心8个，1个育种平台，1个所级公共技术服务中心 ，其中有中国科学院重点实验室（创新中心）3个，青海省重点实验室（研究中心）5个
中国科学院重点实验室（创新中心）：中国科学院高原生物适应与进化重点实验室、中国科学院藏药研究重点实验室、中国科学院西北高原生物所湖州高原生物资源产业化创新中心 青海省重点实验室（研究中心）：青海省寒区恢复生态学重点实验室、青海省青藏高原特色生物资源研究重点实验室、青海省藏药药理学和安全性评价研究重点实验室、青海省作物分子育种重点实验室、青藏高原特色生物资源工程研究中心 研究中心高原生态学研究中心特色生物资源研究中心高原生态农业研究中心资料来源： 野外台站中国科学院海北高寒草甸生态系统实验站平安生态农业实验站三江源草地生态系统观测研究站武威绿洲现代农业科学研究试验站资料来源：
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