中国科学院水生生物研究所研究方向据2022年4月院所官网显示，中国科学院水生生物研究所是从事内陆水体生命过程、生态环境保护与生物资源利用研究的综合性学术研究机构

研究所战略定位和发展目标是，面向中国在水生态环境保护、水生生物资源利用等方面的战略需求，围绕内陆水体生命过程、生态环境保护与生物资源利用领域的基础性、战略性和前瞻性科技问题，着力理论创新和核心技术突破，强化创新价值链的延伸，在水环境保护、淡水渔业和微藻生物技术领域发挥示范作用

 中国科学院水生生物研究所自成立以来共有200项成果获得奖励，出版著作165部，发表论文8301篇

其中SCI收录1385篇，申请专利204项，获得授权107项，出版著作11部，获得省部级以上奖励6项

一些重要技术创新或技术集成获得成功并在应用中变得成熟，对于中国水环境保护和渔业可持续发展起到了推动作用

这些科研产出，在鱼类分子系统发育和进化、藻类生物学研究、鱼类遗传育种学、淡水生态学、水环境工程学和保护生物学等方面回答了一系列科学问题，满足了中国在水污染治理和发展生态渔业方面的需求，取得经济效益，产生了社会影响

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