中国科学院水生生物研究所科研部门据2016年1月研究所官网显示，中国科学院水生生物研究所共有12个研究部门，分别为水生生物多样性与资源保护研究中心、淡水生态学研究中心、鱼类生物学及渔业生物技术研究中心、水环境工程研究中心、水生生物分子与细胞生物学研究中心、藻类生物学及应用研究中心、藻类生物技术与生物能源研发中心、淡水生态与生物技术国家重点实验室、国家淡水渔业工程技术研究中心、东湖湖泊生态系统试验站、水生生物多样性与保护重点实验室、湖北省水体生态工程技术研究中心、武汉市水环境工程研究中心；这12个研究部门中包含有1个国家重点实验室、1个中国科学院重点实验室、一个国家野外科学观测研究站、一个研究所和国家开发投资公司共建的研发中心
国家重点实验室：淡水生态与生物技术国家重点实验室中国科学院重点实验室：水生生物多样性与保护重点实验室国家野外科学观测研究站：东湖湖泊生态系统试验站研究所与国家开发投资公司共建中心：藻类生物技术与生物能源研发中心
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