中国科学院软件研究所科研部门截至2014年4月，中国科学院软件研究所有软件基础研究部、软件高技术研究部、软件应用研究部和软件发展研究部等4个研究部以及总体部，有国家工程研究中心2个，国家重点实验室1个
国家工程研究中心：基础软件国家工程研究中心、卫星导航应用国家工程研究中心分中心 国家重点实验室：计算机科学国家重点实验室
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