中国科学院新疆理化技术研究所科研部门截至2014年底，中国科学院新疆理化技术研究所设有资源化学、材料物理与化学、多语种信息技术、环境科学与技术4个研究室
有中国科学院重点实验室2个，国家地方联合工程研究中心1个，省部共建实验室1个，3个省级重点实验室和1个新疆工程技术中心
中国科学院重点实验室：中国科学院干旱区植物资源化学重点实验室、中国科学院特殊环境功能材料与器件重点实验室 国家地方联合工程研究中心：民族药关键技术及工艺国家地方联合工程研究中心 省部共建实验室：新疆特有药用资源利用国家重点实验室培育基地 省级重点实验室：新疆植物资源化学重点实验室、新疆电子信息材料与器件重点实验室、民族语音语言信息处理实验室 新疆工程技术中心：新疆精细化工工程技术中心
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