中国科学院南海海洋研究所人员编制据2017年9月研究所官网显示，研究所共有在职职工625人，其中正高级人员108人，研究生导师155人

拥有中国工程院院士1人，“万人计划”入选者5人，国家百千万人才工程人选4人，创新人才推进计划中青年科技创新领军人才6人；973计划或国家重点研发任务项目首席科学家6人；中科院特聘研究员16人，中科院“百人计划”入选者29人，中科院“创新国际团队”1个，中科院科技创新“交叉与合作团队”1个；国家杰出青年科学基金获得者9人

 中国工程院院士（专职）：张偲 国家百千万人才工程人选：张长生等 中国科学院率先行动百人计划学术帅才（A类）：王春在国家自然科学杰出青年基金获得者：杜岩、王东晓、秦启伟、蔡树群、余克服、张长生、鞠建华、吴军、殷克东 中国科学院“百人计划”：鞠建华、杜岩、王东晓、周伟东、沈建伟、殷克东、唐丹玲、李翔、喻子牛、尚晓东、刘永宏、张长生、周生启、秦启伟、彭世球、徐向荣、张黎、冯东、王卫强、王志、王鑫、徐杰、修鹏、高贝乐等 创新队伍团队名称首席研究员热带海洋环境动力学研究团队王东晓热带边缘海地质演化海外研究团颜文热带海洋生态过程海外创新团队黄良民海洋微生物化学生态学研究团队张偲热带海洋生物健康养殖研究团队秦启伟 

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