中国科学院南海海洋研究所研究成果据2017年9月研究所官网显示，近50年来，南海海洋所共取得科研成果780余项，获国家、中科院、部委和省市级成果奖258项；申请专利近700件，获授权专利400余项；典型代表性成果有“南海与邻近热带区域的海洋联系及动力机制”、“热带海洋生物活性物质的利用技术”和“南沙群岛及其邻近海区资源环境和权益综合调查研究”等
主持、承担中国科学院先导专项A、国家科技基础资源调查专项、国家基金项目等200余项
与40多个国家和地区建立了学术联系与合作，重点发展与欧、美、日、澳等海洋科学发达国家的合作与交流，同时加强与南海周边东盟国家的交流与合作
每年承担咨询或院地合作项目150余项
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