中国科学院南海海洋研究所教学建设据2017年9月研究所官网显示，研究所研究生可申请中国科学院大学研究生国家奖学金 、吴瑞奖学金 、院长奖、朱李月华奖学、奖教金、地奥奖学金、刘瑞玉海洋科学奖学金 等奖助学金
2016年6月，评选出2015-2016学年中国科学院大学三好学生标兵3名、优秀毕业生4名、优秀学生干部7名、三好学生53名
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