中国科学院合肥物质科学研究院科研部门截至2014年底，该研究院共建有10个直属研究所，1个国家工程中心，17个省部级重点实验室/工程中心

截至至2021年，据官网显示，合肥研究院现有民口科研平台31个，包括两个国家级平台，29个省部级平台

 直属研究所：中国科学院安徽光学精密机械研究所、中国科学院等离子体物理研究所、中国科学院固体物理研究所、中国科学院合肥智能机械研究所、中国科学院合肥物质科学研究院医学物理技术中心、中国科学院强磁场科学技术中心、中国科学院合肥物质科学研究院技术生物与农业工程研究所、中国科学院先进制造技术研究所、中国科学院核能安全技术研究所、中国科学院合肥物质科学研究院应用技术研究所国家工程技术研究中心：安徽省环境光学监测工程技术研究中心安徽省数字农业工程技术研究中心安徽省纳米材料及应用工程技术研究中心 国家环境光学监测仪器工程技术研究中心 省部级重点实验室/工程技术研究中心：国家林业局能源林研究中心（合肥） 、国家环境保护环境光学监测技术重点实验室、安徽省纳米材料与技术重点实验室、安徽省环境光学监测技术重点实验室、安徽省离子束生物工程重点实验室、安徽省仿生感知与先进机器人技术重点实验室、安徽光子器件与材料省级实验室、中国科学院中子输运理论与辐射安全重点实验室、中国科学院材料物理重点实验室、中国科学院环境光学与技术重点实验室、中国科学院大气成分与光学重点实验室、中国科学院通用光学辐射定标与表征重点实验室、中国科学院离子束生物工程学重点实验室、中国科学院新型薄膜太阳能电池重点实验室、安徽省纳米材料及应用工程技术研究中心、安徽省数字农业工程技术研究中心、安徽省环境光学监测工程技术研究中心  

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