中国科学院国家天文台机构前身中国科学院的知识创新工程试点工作开始于1998年

按照中国科学院深化科技体制改革和建设国家知识创新基地的部署，经天文学界的努力，天文基地被列入首批启动的知识创新基地之一

当时，中国天文学研究的布局集中在院属五台三站一中心，其中的“五台”分别是：北京天文台、上海天文台、紫金山天文台、云南天文台和陕西天文台；“三站”分别是：乌鲁木齐站、长春人造卫星观测站和广州人造卫星观测站卫站；“一中心”是南京天文仪器中心

1999年4月16日，中国科学院决定在院属五台三站一中心的基础上，批准组建“国家天文观测中心”

国家天文观测中心的定位是：统筹科学院天文学科发展的布局、大中型观测仪器设备运行以及未来发展的大科学工程项目的立项实施；建立天文研究工作网络，由天文观测中心负责科研工作的宏观协调和指导，研究工作仍分布在各天文台站及与大学联合成立的中心进行管理和实施；争取在2000年末经国家科技部批准，成立国家天文台和若干天文研究机构，组成中国科学院天文研究新体系

1999年4月23日，国家天文观测中心（北京天文台作为其总部所在地）举行成立大会和挂牌仪式；5月19日，艾国祥被任命为国家天文观测中心主任，汪景琇、王宜、杨福民、严俊和罗国权被任命为副主任

国家天文观测中心确立了宇宙大尺度结构等九大研究领域，重点支持了兴隆等五大观测基地和28个创新研究团组，组织了国家天文观测中心首批首席研究员和研究员的公开招聘和聘任，开启了在中国天文学领域每年一度的“十大天文科技进展”评选工作，形成了较为利于科学创新的必要的规章制度

至此，中国科学院国家天文台已具雏形

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