中国科学院地理科学与资源研究所科研部门截至2022年6月，中国科学院地理科学与资源研究所科研系统由7个实验室、3个台站组成（包括1个国家重点实验室、5个院重点实验室和1个所重点实验室），并设有1个综合分析中心和6个专业实验室构成的所级公共技术服务中心

拥有4个国家野外科学观测研究站、3个中国科学院生态系统研究网络（CERN）野外站

建成中国物候观测网、中国陆地生态系统通量观测研究网络（ChinaFLUX）和水循环实验网络3个全国性观测研究网络，共同构成了研究所野外观测研究平台

建成完整的数据共享平台，拥有2个国家数据中心

 国家重点实验室：资源与环境信息系统国家重点实验室国家级数据中心：国家地球系统科学数据中心、国家生态科学数据中心国家野外科学观测研究站：禹城综合试验站、拉萨高原生态试验站、千烟洲地球关键带与地表通量观测研究站、西藏那曲高寒草地生态系统野外科学观测研究站中国科学院重点实验室：陆地表层格局与模拟院重点实验室、区域可持续发展分析与模拟院重点实验室、生态系统网络观测与模拟院重点实验室、陆地水循环及地表过程院重点实验室、资源利用与环境修复所重点实验室中国科学院地理科学与资源研究所重点实验室：院黄河三角洲现代农业工程实验室综合试验台站：禹城综合试验站、拉萨高原生态综合试验站、千烟洲生态试验站中国科学院生态系统研究网络（CERN）野外站：禹城站、拉萨站、千烟洲站全国性观测研究网络：中国物候观测网、中国陆地生态系统通量观测研究网络（ChinaFLUX）和同位素观测网 

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