中国科学院亚热带农业生态研究所设施资源设施设备根据2016年1月研究所官网显示，研究所主要有基因芯片仪、飞行时间质谱仪、植物生长箱、荧光定量实时PCR仪、生化分析仪、氨基酸自动分析仪、C/N分析仪、地理信息系统工作站 、行质谱仪、碳氮分析仪、高效液相色谱仪、气相色谱仪、原子吸收分光光度计、紫外/可见分光光度计、ICP-AES电感耦合等离子体原子发射光谱仪、荧光定量PCR仪、氨基酸分析仪、高速冷冻离心机、飞行质谱仪、超微量分光光度计、植物培养室、田间观测仪器主要有光合作用测定仪（LI-6400）、荧光作用测定仪（MINI-PAM）、冠层分析仪、叶面积仪、中子水分测定仪、便携式水质分析仪、E601蒸发测定系统 稳定性同位素质谱仪、气-质联用仪、高效液相色谱仪、时间飞行质谱仪、等离子体发射光谱仪（ICP-OES）、探地透视仪、定量PCR仪、基因芯片系统、人工气候培养箱等仪器设备

 馆藏资源根据2016年1月研究所官网显示，研究所围绕所的研究方向与学科发展需要，研究所收藏农业、生物、经济、地理、化学、环境等22大类中、外文图书17527种，25057册；中外、文期刊1202种，已形成明显具有农业学科特色的馆藏体系,实现了与院内外文献信息系统的系统互联和资源共享

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