中国科学院云南天文台建国以后1950年，新中国开始恢复经济建设，一架130mm赤道式折射望远镜被调拨到凤凰山，并为此新建了观测室
随着南京的天文所更名为“紫金山天文台”，昆明的凤凰山观测室也相应地更名为“中国科学院紫金山天文台昆明工作站”，简称“昆明天文站”，由紫金山天文台与云南大学双方共管
1972年，经国家计委批准，“昆明天文站”正式更名为“中国科学院云南天文台”，并于1975年扩建为综合性的天文台
20世纪80年代，由德国引进的1米光学望远镜一台，1.2米国产地平式光学望远镜一台
2001年，经中央机构编制委员会批准，将北京天文台、云南天文台等单位整合为国家天文台，云南天文台保留原级别
2006年，从英国引进的2.4米光学望远镜一台，用于承担探月工程地面数据接收任务的国产40米射电望远镜一台
2015年5月，抚仙湖太阳观测站新建的一米新真空太阳望远镜通过成果鉴定
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