中国科学院·水利部成都山地灾害与环境研究所科研部门截至2014年底，中国科学院·水利部成都山地灾害与环境研究所主要有四个研究单元，还有四川省山区减灾工程技术研究中心和综合测试与模拟试验中心两大关键支撑平台
包括有2个中国科学院重点实验室、3个国家重点野外台站和其他5个所级野外观测台站、与西南交通大学等共建国家工程实验室1个
中国科学院重点实验室：中国科学院山地灾害与地表过程重点实验室、中国科学院山地表生过程与生态调控重点实验室国家重点野外台站：中国科学院东川泥石流观测研究站、中国科学院贡嘎山高山生态系统观测试验站、中国科学院盐亭紫色土农业生态试验站所级野外观测台站：三峡库区水土保持与环境研究站、元谋干热河谷沟蚀崩塌观测研究站、万州典型区生态环境监测重点站、申扎高寒草原与湿地生态系统观测试验站、波密地质灾害综合观测研究站国家工程实验室：陆地交通地质灾害防治技术国家工程实验室
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