中国科学院上海天文台科研部门据2016年3月天文台官网显示，中国科学院上海天文台设有天文地球动力学研究中心、星系和宇宙学研究中心、射电天文科学与技术研究室、光学天文技术研究室、时间频率技术研究室5个研究部门
此外，该所拥有4个中国科学院重点实验室
中国科学院重点实验室：星系宇宙学重点实验室、行星科学重点实验室、射电天文重点实验佘山分部、上海市空间导航与定位技术重点实验室
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