中国科学院信息工程研究所科研部门据2016年9月研究生官网显示，研究生设有第一研究室、第二研究室、第三研究室、第四研究室、第五研究室、第六研究室，拥有2个国家级实验室、1个国家工程研究中心、1个院部级科研创新平台、1个研究所重点实验室
国家级实验室：信息安全国家重点实验室、信息内容安全技术国家工程实验室国家工程研究中心：信息安全共性技术国家工程研究中心院部级科研创新平台：中国科学院数据与通信保护研究教育中心中国科学院信息工程研究所重点实验室：保密技术重点实验室
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