中国科学院光电技术研究所科研部门据2015年10月研究所官网显示，光电所建有9个创新研究室，中科院成都几何量及光电精密机械测试实验室，还建有5个研制中心，2个技术保障中心
国家重点实验室：微细加工光学技术国家重点实验室 中国科学院重点实验室：中国科学院光束控制重点实验室、中国科学院自适应光学重点实验室 研制中心：精密机械制造、先进光学研制、轻量化镜坯研制、光学工程总体集成、质量检测 技术保障中心：制造保障中心、科技信息中心
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