中国科学院上海巴斯德研究所设备资源设备仪器上海巴斯德所建有公共技术服务平台，设5个专业技术中心（实验室），包括生物安全专业实验室、病理模型动物实验中心、生物成像与仪器分析中心、病原发现与大数据中心和生物大分子过程技术中心
平台拥有冷冻透射电子显微镜、超高速流式细胞分选仪、流式细胞分析仪、激光共聚焦显微镜、激光显微切割仪、基因芯片点样系统、X-射线辐照仪等一批大型精密仪器设备；同时还拥有SPF级动物设施、生物安全二级专业实验室，提供SPF级及感染动物实验设施保障服务
服务领域涉及生物大分子复合物/单颗粒超微结构解析、组织和细胞形态学的影像分析、流式细胞分析与分选、蛋白分离纯化与鉴定、抗体疫苗的上游工艺与研发、感染细胞与动物水平实验、基因小鼠制备、生物信息分析、病原体诊断技术研发和新发传染病病原体分离鉴定等
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