中国科学院上海生命科学研究院合作交流根据2016年3月研究院官网显示，中国科学院上海生命科学研究院德国马普学会共建计算生物学伙伴研究所、与上海市和法国巴斯德研究所三方共建的“中科院上海巴斯德研究所”；与美国加州大学伯克利分校共建的“分子生命科学中心”、与诺和诺德公司共建“糖尿病前期转化型研究中心”、与瑞士联邦理工大学共建的“上海木薯生物技术中心”等；参与“中国科学院-英国约翰·英纳斯中心植物和微生物科学联合研究中心”的筹建；密切与国际生物化学和分子生物学学会和亚太分子生物学网络（AIMBN）的合作，扩大相关研究所的国际和地区影响
上海生科院科学家参与多边科学研究计划，包括“国际水稻基因组测序计划”、“C4水稻”研究计划、欧盟框架计划、人类基因组单体型图谱国际合作计划 、亚太地区人群遗传多样性研究计划、整合花粉生物学研究协作网计划等
2014年，上海生科院新增或获准延长资助的国际人才项目10个，出访团组345批共459人次，涉及34个国家和地区，接待来访团组530批共908人次，涉及41个国家和地区
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