中国科学院动物研究所科研部门据2023年3月研究所官网信息显示，中国科学院动物研究所建有3个国家重点实验室，2个中国科学院重点实验室，还设有野生动物疫病研究中心、干细胞与再生医学研究中心、计算与进化生物学研究中心和外来有害生物鉴定与预警研究中心等四个联合研究单元以及五个中外联合研究中心
国家重点实验室（3个）：农业虫害鼠害综合治理研究国家重点实验室、干细胞与生殖生物学国家重点实验室、膜生物学国家重点实验室中国科学院重点实验室（2个）：动物生态与保护生物学院重点实验室、动物进化与系统学院重点实验室联合研究中心（3个）：野生动物疫病研究中心、中法哺乳动物胚胎细胞生物学联合实验室、计算与进化生物学研究中心
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