中国科学院地球环境研究所科研部门根据2019年3月研究所官网显示，地球环境研究所设有5个研究室、1个中国科学院重点实验室、1个国家重点实验室，该国家重点实验室连续六次被国家科技部、国家基金委评为“优秀实验室”
国家重点实验室：黄土与第四纪地质国家重点实验室
中国科学院重点实验室：中国科学院气溶胶化学与物理重点实验室
研究室：古环境、现代环境、粉尘与环境、加速器质谱中心、生态环境
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