中国科学院城市环境研究所科研平台据2016年9月研究所官网显示，研究所拥有中国科学院重点实验室2个、中国科学院创新中心1个、所级研究中心6个、厦门市重点实验室2个、厦门市研究中心1个
中国科学院重点实验室：中国科学院城市环境与健康重点实验室、中国科学院城市污染物转化重点实验室中国科学院创新中心：中国科学院城市大气环境研究卓越创新中心 所级研究中心：城市生态健康与环境安全研究中心、城市环境污染控制与资源化技术研究中心、城市环境工程与循环经济研究中心、城市生态环境规划与管理研究中心、中国能源研究中心、大气环境研究中心 厦门市重点实验室：厦门市城市代谢重点实验室、厦门市室内空气与健康重点实验室厦门市研究中心：厦门市水环境安全与水质保障工程技术研究中心
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