中国科学院南京土壤研究所学科建设据2015年12月研究所官网信息显示，中国科学院土壤研究所是中国首批具有硕士和博士学位授予权的单位之一，共拥有3个一级学科博士和硕士学位点；2个二级学科硕士学位点；2个全日制专业学位培养点，还设有2个博士后流动站
一级学科硕士学位点（3个）：农业资源与环境（含土壤学、植物营养学、资源环境与遥感信息）、环境科学与工程（环境科学、环境工程）、生态学 一级学科博士学位点（3个）：农业资源与环境（含土壤学、植物营养学、资源环境与遥感信息）、环境科学与工程（环境科学、环境工程）、生态学 二级学科硕士学位点（2个，不含一级学科覆盖的二级学科）：地图学与地理信息系统、水土保持与荒漠化防治 专业学位培养点（2个）：工程硕士（环境工程、生物工程领域）、农业推广硕士（农业资源利用领域） 博士后流动站（2个）：农业资源与环境、环境科学与工程
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