中国科学院沈阳应用生态研究所科研部门截至2015年年末，中国科学院沈阳应用生态研究所有国家重点实验室2个，中国科学院重点实验室1个，辽宁省级重点实验室4个，辽宁省级工程技术中心1个；此外设有森林生态与林业生态工程研究中心、土壤生态与农业生态工程研究中心、景观生态与区域规划研究中心、污染生态与环境生态工程研究中心、生物资源与生物技术研究中心5个研究中心
国家重点实验室（2个）：国家森林与土壤生态重点实验室、土壤养分管理国家工程实验室（共建） 中国科学院重点实验室（1个）：中国科学院污染生态与环境工程重点实验室 辽宁省级重点实验室（4个）：辽宁省陆地生态过程与区域生态安全重点实验室、辽宁省生态公益林重点实验室、辽宁省植物资源与利用重点实验室、辽宁省土壤环境质量与农产品安全重点实验室 辽宁省级工程技术中心（1个）：辽宁省肥料工程技术中心
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