中国科学院烟台海岸带研究所研究部门据2017年9月研究所官网显示，研究所拥有1个中国科学院重点实验室、1个山东省重点实验室、1个山东省工程技术研究中心、2个中国科学院野外台站、2个所级实验室、3个所级研究中心，设有中国科学院烟台海岸带生物产业技术创新与育成中心
中国科学院重点实验室：中国科学院海岸带环境过程与生态修复重点实验室山东省重点实验室：山东省海岸带环境过程重点实验室山东省工程技术研究中心：山东省海岸带环境工程技术研究中心中国科学院野外台站：中国科学院牟平海岸带环境综合试验站、中国科学院黄河三角洲滨海湿地生态试验站所级实验室：海岸带生物学与生物资源利用重点实验室、海岸带信息集成与综合管理实验室所级研究中心：海岸带灾害与全球变化研究中心、海岸带数据分析与数值模拟研究中心、海岸带发展战略研究与规划中心
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