中国科学院南京地理与湖泊研究所人员编制截至2014年底，中国科学院南京地理与湖泊研究所共有在职职工243人
其中科技人员209人、科技支撑人员24人，包括研究员及正高级工程技术人员43人、副研究员及高级工程技术人员73人，博士生导师34名，硕士生导师37名；全所进入创新岗位233人
共有中国科学院“百人计划”入选者9人；国家杰出青年科学基金获得者4人（新增1人）
中国科学院“百人计划”入选者：贺斌、江和龙、孔繁翔、刘元波、罗潋葱、秦伯强、沈吉、于革、张奇 国家杰出青年科学基金获得者：秦伯强、沈吉、吴庆龙、张运林
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